The Wolverine bersetting waktu setelah X-Men : The Last Stand, Wolverine melakukan perjalanan ke Jepang. Disana dia bertemu sosok misterius dari masa lalunya dan terlibat pertempuran yang hebat. Pertempuran yang konsekuensi akan keabadiannya.
Untuk pertama kalinya, dia didorong ke batas-batas fisik emosional, ia menghadapi tidak hanya baja samurai yang mematikan, tetapi juga perjuangan batin melawan keabadian itu sendiri, muncul lebih kuat daripada sebelumnya.